Zbirka sadržava uglavnom morske primjerke, ježince, zmijače, zvjezdače, rakove, kliještare, koralje, spužve koje potječu s područja Hrvatske i iz cijelog svijeta. U zbirci se čuva građa nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

U bogatom fundusu paleontološke zbirke čuva se inherentno rijedak materijal, a brojni primjerci oduševljavaju svojom znanstvenom vrijednošću ili pak vizualnom atraktivnošću. Zbirku čini značajna paleomalakološka zbirka morskih, brakičnih i slatkovodnih mekušaca neogenskih naslaga sjeverne Hrvatske. Neogenski nalazi dokaz su postojanja posljednjeg mora geološke prošlosti koje je plavilo područje Slavonije u razdoblju od prije oko 24 – 2,6 milijuna godina kada započinju nagle klimatske promjene koje vode u pleistocenske izmjene ledenih i međuledenih razdoblja. Veće cjeline unutar zbirke čine i miocenski ježinci Slavonije, kredni rudisti otoka Brača i Medvednice, te pliocenski slatkovodni mekušci Srijema i cefalopodna fauna jurskih naslaga Greben planine. U zbirci se čuva najstariji primjerak Muzeja Slavonije izumrli trilobit koji je živio u ordoviciju od 485,4 – 443,4 milijuna godina prije sadašnjosti, te značajan razvojni niz puževa paludina iz paludinskih slojeva Slavonije kao primjer postavljanja filogenetskog niza i evolucijskog razvoja. Zbirku čine i sustavno prikupljeni primjerci fosila koji daju pregled geologije Slavonije, prezentiraju dugu geološku prošlost Slavonije, te postanak i razvoj Zemlje i drugi primjerci s područja Hrvatske i svijeta. U zbirci se čuva građa prvenstveno nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

U bogatom fundusu paleontološke zbirke čuva se inherentno rijedak materijal, a brojni primjerci oduševljavaju svojom znanstvenom vrijednošću ili pak vizualnom atraktivnošću. Zbirku čine ostaci pleistocenskih sisavaca pretežno izumrlih vrsta koji su u našim krajevima živjeli tijekom posljednjeg ledenog doba, te ostaci miocenskih riba i sisavaca Panonskog mora koji reprezentiraju stratigrafiju Hrvatske. Reprezentativni nalazi gornjopleistocenskih životinjskih vrsta, te miocenskih riba i sisavaca pronađeni su na lokalitetima u Slavoniji. U paleontološkoj zbirci su zastupljeni i primjerci iz drugih područja Hrvatske i svijeta. Izumrle pleistocenske vrste u našim su krajevima živjele od 130.000 – 12.000 godina prije sadašnjosti, a miocenske vrste oko 18 milijuna godina prije sadašnjosti. Primjerci prezentiraju dugu geološku prošlost Slavonije, te postanak i razvoj Zemlje. Građa u zbirci je nacionalnog porijekla te su znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

U bogatom fundusu zbirke čuva se inherentno rijedak materijal, a brojni primjerci oduševljavaju svojom znanstvenom vrijednošću ili pak vizualnom atraktivnošću. U Zbirci fosilne flore uglavnom se nalaze reprezentativni otisci listova te sjemenke, grančice i plodovi pretežito tropskih i subtropskih vrsta. Biljne okamine temelj su za rekonstrukciju vegetacije Hrvatske kroz dugu geološku prošlost. Zbirka sadrži sustavno prikupljene primjerke fosilnih biljaka koji daju pregled geologije Slavonije, prezentiraju dugu geološku prošlost Slavonije, te postanak i razvoj Zemlje. U zbirci se nalaze primjerci s područja Hrvatske i svijeta. Građa paleontološke zbirke prvenstveno je nacionalnog porijekla te su znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

Zbirka sadrži preparirane primjerke vretenaca, bogomoljki, kornjaša, leptira te dvokrilaca u kojoj prevladavaju primjerci dvokrilaca i leptira uglavnom s područja Slavonije i Baranje i cijele Hrvatske. U entomološkoj zbirci nalaze se primjerci zaštićenih vrsta na području Hrvatske. U zbirci se čuva građa prvenstveno nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

Temelj čini zbirka recentnih morskih malakoloških primjeraka, prva veća prirodoslovna zbirka darovana Muzeju Slobodnog i kraljevskog grada Osijeka 1898. godine. Zbirka sadrži i malakološke primjerke iz Jadrana, kopnene malakološke primjerke s područja Baranje, te darovanu zbirku morskih školjki i puževa iz Afrike. U zbirci se nalaze primjerci zaštićenih vrsta na području Hrvatske. Građa zbirke je nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

Zbirku algarija čine primjerci morskih algi prikupljeni na području Dalmacije. U zbirci se čuva građa prvenstveno nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

Ornitološka zbirka sadrži preparate ptica, te jaja, gnijezda i kostur ptice. Primjerci potječu s područja Slavonije i Baranje. Zbirka je izuzetno vrijedna zahvaljujući autohtonim primjercima. Pojedini primjerci zaštićene su vrste na području Hrvatske. U zbirci se čuva građa prvenstveno nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

Ornitološka zbirka sadrži preparate ptica, te jaja, gnijezda i kostur ptice. Primjerci potječu s područja Slavonije i Baranje. Zbirka je izuzetno vrijedna zahvaljujući autohtonim primjercima. Pojedini primjerci zaštićene su vrste na području Hrvatske. U zbirci se čuva građa prvenstveno nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

Ihtiološka zbirka sadrži iznimno vrijedne preparirane primjerke riba s prijelaza 19. u 20. stoljeće u kojoj se čuva primjerak zaštićene vrste na području Hrvatske. Građa je nacionalnog porijekla te su znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

Zbirka sadrži preparirane primjerke sisavaca, te kosti sisavaca. Primjerci zvijeri i papkara potječu s područja Slavonije i Baranje. Mamološka zbirka izuzetno je vrijedna zahvaljujući autohtonim primjercima. Pojedini primjerci zaštićene su vrste na području Hrvatske. U zbirci čuva se građa prvenstveno nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

U bogatom fundusu zbirke čuvaju se sustavno prikupljeni uzorci autohtonih stijena Slavonije koje daju pregled geologije Slavonije od prekambrija do kvartara, od prije 640 milijuna godina do danas. Zbirku čine magmatske, sedimentne i metamorfne stijene. Primjerci prezentiraju dugu geološku prošlost Slavonije, te postanak i razvoj Zemlje. U zbirci se čuva građa prvenstveno nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

U okviru postavljanja i provedbe znanstvenog istraživanja na području preventivne zaštite od muzejskih štetnika sakupljena je zbirka koju čine razvojni stadiji vrsta, te dijelovi tijela i produkti muzejskih štetnika uzorkovani u muzejskim čuvaonicama. Obavljanje nadzora nad pojavom štetnika složen je postupak koji uključuje uzorkovanje i analizu vrsta i brojnosti štetnika, utvrđivanje intenziteta napada štetnika i utjecaja štetnika na muzejsku građu, te predlaganje učinkovitih načina njihovog suzbijanja.

Zbirka sadrži herbarijske primjerke vaskularnih biljaka pretežno s područja Slavonije i Baranje i cijele Hrvatske koje prezentiraju florističko bogatstvo i raznolikost naše domovine. Dio zbirke čine iznimno vrijedni herbarijski primjerci sakupljeni u 19. stoljeću. Dio zbirke čine herbarizirani primjerci sakupljeni na području Crne Gore. U herbarskoj zbirci nalaze se primjerci zaštićenih vrsta na području Hrvatske. Građa zbirke je nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.

Herpetološka zbirka sadrži preparirane primjerke endemičnih zaštićenih repaša dinarskog krša, kornjača i ljuskaša s područja Slavonije i Baranje. Zbirka je izuzetno vrijedna zahvaljujući endemičnim i autohtonim primjercima. U zbirci se nalazi primjerak zaštićene vrste na području Hrvatske koji predstavlja primjer rijetke aksijalne bifurkacije i dupliciranja kod životinjskih vrsta. Građa zbirke je prvenstveno nacionalnog porijekla te je znanstvena evaluacija i taksonomija su od primarnog interesa u upravljanju zbirkom.